Né à Paris, le 10 mai 1964, Marc André, qui choisira d’orthographier son nom à l’allemande (d’abord Mark André, puis Mark Andre), étudie, de 1987 à 1993, l’harmonie, le contrepoint, l’analyse, la composition et la recherche musicale au Conservatoire national supérieur de musique de Paris, dans les classes notamment de Claude Ballif et de Gérard Grisey, où il obtient ses Premiers Prix. En 1993, il est élève de l’École normale supérieure (Paris) et du Centre d’études supérieures de la Renaissance (Tours), et soutient, l’année suivante, un mémoire de DEA sur Le Compossible musical de l’Ars subtilior, sous la direction de Philippe Vendrix et d’Olivier Boulnois, spécialiste de Duns Scot. Boursier Lavoisier du ministère des Affaires étrangères, il suit, de 1993 à 1996, l’enseignement de Helmut Lachenmann à la Hochschule für Musik de Stuttgart, où il obtient un diplôme de perfectionnement en composition (Grosses Kompositionsexamen) – Helmut Lachenmann écrira en 2006 un plaidoyer en faveur de son élève.

Pensionnaire de l’Akademie Schloss Solitude de Stuttgart, en 1995 et 1996, il est boursier du DAAD et de la Villa Médicis hors les murs en 1996, et lauréat, la même année, du Kranichsteiner Musikpreis des Cours d’été internationaux de Darmstadt, avec un-fini I (1995), pour harpe, et le loin et le profond (1994-1995), pour ensemble, ainsi que du Premier Prix Blaue Brücke Berlin-Dresden, pour Fatal (1995), pour ensemble. Mark Andre suit alors des masterclasses avec Wolfgang Rihm. En 1997-1998, il étudie l’électronique musicale auprès d’André Richard, au Studio expérimental de la Fondation Heinrich-Strobel du SWR, à Freiburg, et remporte le Premier Prix du Concours international de composition de Stuttgart avec Le trou noir univers (1992-1993), pour solistes, orchestre et live electronics. Pensionnaire du SWR et de la Ville de Baden-Baden (1997-1998), il enseigne la composition aux Cours d’été de Darmstadt en 1998 – il y reviendra en 2006, 2010, 2014 et 2016 –, mais aussi, dès 1997, le contrepoint et l’orchestration au Conservatoire national de région de Strasbourg et à la Musikhochschule de Francfort/Main.

De 1998 à 2000, Mark Andre est pensionnaire de la Villa Médicis à Rome, avant de recevoir, en 2001, le Prix international de composition de l’Opéra de Francfort pour …das O…, première partie de …22,13…, créée par l’Ensemble Modern, sous la direction de Johannes Debus, puis, en 2002, le Förderpreis de la Fondation Ernst-von-Siemens. …22,13…, Musiktheater-Passion (1999-2004), composé pour la Biennale de Munich et le Staatstheater de Mayence, est créé le 20 mai 2004, dans une mise en scène de Georges Delnon et sous la direction de Peter Hirsch. D’autres représentations suivent, à Munich, à Mayence et à l’Opéra de Paris-Bastille (Festival d’automne à Paris).

Mark Andre est invité à rejoindre le programme artistique du DAAD, à Berlin, en 2005. Les prix se multiplient encore : en 2006, le Prix de composition de la Fondation Christoph-und-Stefan-Kaske ; en 2007, le Prix Giga-Hertz de la production de musique électronique (Karlsruhe) et le Prix d’orchestre du Festival de Donaueschingen, pour le troisième pan du triptyque …auf…, créé par l’Orchestre symphonique du SWR, Baden-Baden et Freiburg, sous la direction de Sylvain Cambreling ; en 2008, le Förderpreis de l’Académie des arts de Berlin ; en 2012, le Prix de composition de la Fondation Gerhart-und-Renate-Baum. La première du cycle …auf… est donnée à la Philharmonie de Berlin, le 28 mars 2009. La même année, Mark Andre devient membre de l’Académie des arts de Berlin et professeur de composition à l'École Supérieure de Musique Carl Maria von Weber de Dresde. Il est aussi, depuis 2010, membre de l’Académie des arts de Saxe et, depuis 2012, membre honoraire de l’Académie des Beaux-Arts de Bavière.

En 2010, Mark Andre enseigne à l’Académie européenne de musique du Festival d’Aix-en-Provence et, en tant que compositeur en résidence, au Festival international de Takefu (Japon). En 2012, il est compositeur en résidence à Salzburg (Mozartwoche), puis, en 2012-2013, fellow du Wissenschaftskolleg de Berlin. Son « opéra en quatre situations » wunderzaichen (2011-2013), sur un livret du compositeur et de Patrick Hahn, est créé au Staatsoper de Stuttgart, le 2 mars 2014 (mise en scène de Jossi Wieler et Sergio Morabito ; direction de Sylvain Cambreling). En 2015, il reçoit le prix d'orchestration de l'Orchestre de la SWR aux Donaueschinger Musiktage pour über. La même année, il est fellow à la Villa Tarabya d'Istanbul et l'année suivant à la Villa Concordia de Bamberg. En 2017, il enseigne la composition au festival Impuls de Graz ainsi qu'à la fondation Royaumont. Il reçoit également le prix d'art et de culture de la Conférence des évêques d'Allemagne et, en 2021, le prix musical du Gruppo Aperto Musica Oggi (GAMO) de Florence.

Nommé Chevalier des arts et des lettres par le ministère de la Culture français en 2011, Mark Andre vit à Berlin.